方波電穿孔儀用于細菌、酵母和其他眾多微生物的電擊轉化，轉化時，高壓電脈沖作用于懸浮在小體積高阻介質中的樣品。本系統由一個脈沖發生器(pulse generator)模塊、一個電擊腔(shocking chamber)和一個裝有電極的電擊杯(cuvette)組成。樣本放置于電擊杯的電極之間。Micropulser模塊包含一個電容器，將電容器充電至高電壓，然后模塊將電容器中的電流放電到試管中的樣品中。
方波電穿孔儀的電容放電電路產生具有指數衰減波形的電脈沖。當電容器放電至樣品時，跨越電極的電壓迅速上升至電壓(or峰值電壓，peak voltage/·也稱為初始電壓，Vo)，并隨時間(t)減小，如下式：
其中T=R·C，為時間常數，是脈沖長度的簡便表達式。
R為電路電阻，單位為ohms(歐姆)。
C為電容，單位為microfarad(微法拉)。
根據方程1，T是電壓下降至峰值電壓1/e(~37%)的時間。MicroPulser的內部電路被設計以使E.co、釀酒酵母及其他許多微生物可以得到電穿孔，轉化效率發生在大約5ms的時間常數內。這些電穿孔條件是通過使用10微法拉電容器和將600歐姆電阻與樣品池并聯以及將30歐姆電阻與樣品池串聯來實現的。
方波電穿孔儀除時間常數外，電場強度是另一個決定轉化效率的重要參數。電場強度E，是施加于電極間的電壓，其中，V為施加的電壓，d為電極間的距離，單位為cm。電場強度和細胞的尺寸(size)決定了橫貫每個細胞的電壓降，正是電壓降可能是電穿孔中電壓效應的重要表現。30歐姆串聯電阻的目的是在發生電弧的情況下保護設備電路。在正常操作條件下，當樣本在高電阻介質中，電阻不會影響施加在樣本上的電壓。但是，當樣本的電阻較低時，電阻將降低施加在樣品上的電壓。
